研究方向：理论生物物理与生物信息学
[1] 人类基因组和模式生物基因组基因表达、剪接和可变剪接识别，转录因子结合位点预测，组蛋白修饰等表观遗传修饰调控等方面的研究。从生物分子层面上整合和分析数据，构建基因表达调控，可变剪接调控相关的动力学模型，发现和研究关键的差异表达基因，及其关键的调控位点和调控因素，寻找和挖掘细胞系和组织特异的基因差异表达和可变剪接的调控机制。
[2] 正常和癌症条件下基因表达的差异性，可变剪接的多样性研究，结合表观修饰数据，探索癌症发生和发展的影响因素和机制。通过基因的差异表达研究寻找靶向基因，解析表观遗传修饰在癌症的发生和发展中作用，为生命科学和精准医疗的应用研究及其疾病的预防、早期诊断和治疗等提供理论依据，也为其他重大疾病的研究提供重要的理论参考。
国家级、省部级科研项目：
[1] 基因可变剪接的表观调控及其与癌症的关系. 国家自然科学基金，38万元，2020.01-2023.12.
[2] 组蛋白修饰与基因表达调控的相关性分析. 国家自然科学基金，46万元，2015.1-2018.12.
[3] 人类基因的可变剪接及其与人类疾病关系的研究。国家自然科学基金，20万元，2010.01-2012.12
[4] 内含子可变剪接特性和机理的研究。国家自然科学基金（东西部合作项目），8万元，2005.1-2007.12.
[5] 组蛋白修饰与基因表达调控的相关性分析，内蒙古自然科学基金，6万元，2014.1-2016.12.
[6]mRNA前体可变剪接的调控及其与人类疾病，内蒙古自然科学基金（博士基金），2万元，2009.01-2010.12
主要论著
1. Lirong Zhang, Yanchao Yang, Lu Chai, Qianzhong Li, Junjie Liu*, Hao Lin*, Li Liu*. A deep learning model to identify gene expression level using co-binding transcription factor signals. Briefings in Bioinformatics.（IF：11.622，Accepted）
2. Li Liu, Lirong Zhang*, Fuying Dao, Yaochao Yang, Hao Lin*. A computational framework for identifying the transcription factors involved in enhancer-promoter loop formation. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2021, 23:347-354. (IF：7.032)
3. Liaofu Luo, Lirong Zhang*. Quantum Patterns of Genome Size Variation in Angiosperms. Current Bioinformatics, 2021, 16(1):80-89. (IF:2.068)
4. Lirong Zhang*, GaoGao Xue, Junjie Liu, Qianzhong Li*, Yong Wang*. Revealing transcription factor and histone modification co-localization and dynamics across cell lines by integrating ChIP-seq and RNA-seq data. BMC genomics, 2018, 19(10):914.
5. LiRong Zhang*, GaoGao Xue, QianZhong Li. The cooperation of transcription factor binding and histone modification in two cell lines. European Biophysics Journal with Biophysics Letters. 2017, 46 (Suppl 1):S235-s235.
6. Fudong Xue, Junjie Liu, Longfang Guo, Lirong Zhang, Qianzhong Li. Theoretical study on the bactericidal nature of nanopatterned surfaces. 2015, Journal of Theoretical Biology, 385:1–7.
7. Wei Chen, Liaofu Luo and Lirong Zhang. The Organization of Nucleosomes around Splice Sites. Nucleic Acids Research, 2010, 38(9):2788-2798.（IF：8.026)
8. Wei Chen, Liaofu Luo, Lirong Zhang, Hao Lin*. Recognition of DNase I hypersensitive sites in multiple cell lines. International Journal of Bioinformatics Research and Application, 2009, 5(4):378-384.
9. Hongying Jin，Liaofu Luo，Lirong Zhang. Using estimative reaction free energy to predict splice sites and their flanking competitors, Gene, 2008, 424(1-2): 115–120. (IF：2.341)
10. Lirong Zhang, Liaofu Luo. Splice site prediction with quadratic discriminant analysis using diversity measure. Nucleic Acids Research, 2003, 31(21):6214-6220.(IF：8.026)
11. Liaofu Luo，Hong Li，Lirong Zhang.ORF organization and gene recognition in the yeast genome. Comparative and Functional Genomics, 2003, 4:318-328.(IF：1.282)
12. Qianzhong Li，Liaofu Luo，Lirong Zhang. Study on the model for regulation of the allosteric enzyme activity. Chinese Journal of Chemistry, 2002, 20(12):1506-1513. (IF：0.755)
13. 晋宏营，罗辽复，张利绒. 使用估计的反应自由能预测组成性和可变剪接位点, 生物物理学报, 2009, 25(1):57-64.
14. 陈伟，罗辽复，张利绒，邢永强. 核小体定位与RNA剪接, 生物化学与生物物理进展, 2009, 36(8):1035-1040. (SCIE)
15. 邢永强，张利绒，罗辽复. 人类基因组盒式外显子和内含子保留的可变剪接位点预测, 生物物理学报, 2008, 24(5)：393-401.
16. 张利绒，罗辽复，邢永强，晋宏营. 人类基因组中可变和组成性剪接位点的预测, 生物化学与生物物理进展, 2008, 35(10):1188-1194. (SCIE)
17. 晋宏营，罗辽复，张利绒. 核酸－蛋白质结合能在剪切位点识别中的应用, 生物物理学报, 2007, 23(3):185-191.
18. 张利绒，罗辽复. 多样性指标用于基因中剪切位点的识别. 生物化学与生物物理进展, 2004, 31(1):77-82.(SCIE)
